Ochrana lidských práv je jedním ze základních cílů Rady Evropy, jehož je třeba dosáhnout ve čtyřech hlavních oblastech:
- účinné sledování a ochrana základních práv a svobod;
- zjišťování nových rizik, jež hrozí lidským právům a lidské důstojnosti;
- rozvoj veřejné informovanosti o významu lidských práv;
- podpora věnovaná výchově k lidským právům a odborné přípravě.

K nejdůležitějším smlouvám v této oblasti patří Evropská úmluva o lidských právech, Evropská úmluva o prevenci mučení a nelidského či ponižujícího zacházení či trestání a Rámcová úmluva o ochraně národních menšin.

Evropská úmluva o lidských právech (European Convention on Human Rights)
Nejvýznamnějším úspěchem Rady je Evropská úmluva o lidských právech, která byla přijata v roce 1950 a vstoupila v platnost v roce 1953. Uvádí seznam práv a svobod, jež musí státy v rámci vlastní jurisdikce zabezpečit každému (mezi jinými jde o právo na život, na ochranu před mučením a nelidským zacházením, na svobodu a bezpečnost, právo na spravedlivý soud, na respektování vlastního soukromého a rodinného života a korespondenci, na svobodu projevu, včetně svobody tisku, myšlení, svědomí a náboženství). Následné protokoly přidaly další práva k těm uvedeným v Úmluvě, jako je zrušení trestu smrti (protokol č. 6).

Evropský soud pro lidská práva (European Court on Human Rights)
Úmluva zřizuje mezinárodní mechanismus - Evropský soud pro lidská práva, jemuž mohou státy i jednotlivci, bez ohledu na národnost, předkládat stížnosti na údajné porušování úmluvou garantovaných práv ze strany smluvních států. Předkládají je soudním institucím ve Štrasburku, zřízeným podle Evropské úmluvy o lidských právech. Jurisdikce soudu je obligatorní pro všechny smluvní strany. Soud, který zasedá neustále, se zabývá všemi předběžnými stadii případu a vydává rozsudek o jeho skutkové podstatě. Soud se skládá ze stejného počtu soudců, jako je počet smluvních států úmluvy. I když jsou v první fázi kandidáti navrhováni jednotlivými vládami, soudci mají ve výkonu svých povinností naprostou nezávislost a nereprezentují státy, které je navrhly. Současným předsedou soudu je Luzius Wildhaber (Švýcarsko). Úkolem Výboru ministrů je kontrolovat rozsudky soudu, u nichž bylo zjištěno porušení práva.

Úmluva o prevenci mučení (Convention for the Prevention of Torture)
Evropská úmluva o prevenci mučení a nelidského či ponižujícího zacházení či trestání vstoupila v platnost v roce 1989. Úmluva doplňuje ochranu dostupnou dle ustanovení Evropské úmluvy o lidských právech tím, že zřizuje Evropský výbor pro prevenci mučení (European Committee for the Prevention of Torture - CPT).

Členové Výboru pro prevenci mučení navštěvují vazební věznice s cílem zjistit, jak se zachází s osobami zbavenými svobody. Cílem činnosti Výboru je posilovat ochranu zadržených před mučením a nelidským či ponižujícím zacházením nebo trestáním spíš než odsuzovat jednotlivé státy za přestupky. Po každé návštěvě připraví CPT zprávu, která obsahuje daná zjištění a doporučení. Ta jsou pak zaslána příslušnému státu.

Ochrana národních menšin
Rada Evropy přijala Rámcovou úmluvu (Framework Convention) v roce 1994. Smluvní strany se zavazují usilovat o dosažení cílů Úmluvy prostřednictvím národní legislativy a politiky K těmto zásadám patří zajištění rovnoprávnosti před zákonem, zachovávání a rozvíjení různých kultur, zabezpečování identity, náboženství, menšinových jazyků a tradic. Od roku 1992 mohou evropské stáry stvrzovat svůj závazek chránit regionální či menšinové jazyky podpisem Evropské charty k tomuto tématu.

Potírání rasismu a nesnášenlivosti
Evropská komise proti rasismu a nesnášenlivosti (European Commission against Racism and Intolerance - ECRI) byla zřízena v roce 1993. ECRI je nezávislým kontrolním orgánem, jehož úkolem je potírat rasismus, xenofobii, antisemitismus a nesnášenlivost ve všech členských státech Rady Evropy z hlediska ochrany lidských práv. Její činnost zahrnuje všechna nezbytná opatření k potírání násilí, diskriminace a předsudků, jimž čelí osoby či skupiny osob kvůli rase, barvě pleti, jazyku, náboženství, národnosti a národnímu či etnickému původu.

Komisař pro lidská práva (Commissioner for Human Rights)
Funkce komisaře pro lidská práva byla zřízena v roce 1999. Komisař zodpovídá za rozvoj výchovy, informovanosti a respektování lidských práv v členských státech a za zajišťování plného a účinného dodržování dokumentů Rady Evropy. Komisař má podpůrnou a v podstatě preventivní úlohu bez právních kompetencí. Prvním komisařem je Alvaro Gil-Robles (Španělsko), který byl zvolen Parlamentním shromážděním v září 1999.